Der Datenaustausch beim eRezept Deutschland erfolgt durch gesicherte und verschlüsselte Datenübertragung aus systemgeprüften Programmen. Die verschlüsselten Verordnungsdaten liegen getrennt von dem für die Entschlüsselung notwendigen QR-Code auf geprüften deutschen Servern. Auf diese Weise wird sichergestellt, dass Dritte keinen Zugriff auf die Datensätze erhalten. Der QR-Code kann nur von der beteiligten Apotheke ausgelesen werden.